Rotten Tomatoes được sáng lập vào ngày 12 tháng 8 năm 1998, trong một dự án thực hiện vào lúc rảnh rỗi của Senh Duong.[5] Mục đích của anh khi tạo ra Rotten Tomatoes là "để tạo nên một website nơi tất cả mọi người có thể vào xem các bài đánh giá từ nhiều nhà phê bình của Mỹ".[6] Niềm cảm hứng của anh tới khi, là một người hâm mộ của Jackie Chan, Duong bắt đầu sưu tầm tất cả các bài đánh giá về những bộ phim của Chan ngay khi chúng vừa ra mắt ở Mỹ. Bộ phim đầu tiên được đánh giá trên trang Rotten Tomatoes là Your Friends & Neighbors. Website ngay lập tức gặt hái được nhiều thành công, nhận được sự chú ý từ Yahoo!, Netscape, và USA Today trong tuần đầu tiên đi vào hoạt động; và do đó nó đã thu hút được "600 - 1000 lượt người xem mỗi ngày".[cần dẫn nguồn]

Duong cộng tác với hai người bạn cùng lớp tại Đại học California, Berkeley là Patrick Y. Lee và Stephen Wang, những người đã cùng làm việc với anh trước đó tại công ty thiết kế web Design Reactor có trụ sở tại Berkeley, California, để xây dựng Rotten Tomatoes thành một tổ chức hoạt động toàn thời gian (làm việc tất cả các ngày trong tuần như mọi công ty khác), chính thức đi vào hoạt động ngày 1 tháng 4 năm 2000.[7]

Vào tháng 6 năm 2004, IGN Entertainment đề nghị mua lại Rottentomatoes.com với mức giá không được tiết lộ.[8] Tháng 9 năm 2005, IGN được công ty Fox Interactive Media trực thuộc News Corp mua lại.[9] Vào tháng 1 năm 2010, IGN bán lại website này cho Flixster, hãng sản xuất ứng dụng đánh giá phim phổ biến nhất cho máy tính bảng iPad và các thiết bị di động khác.[10] Mức truy cập tổng cộng của cả hai công ty này là 30 triệu lượt một tháng trên mọi nền tảng, theo như họ cho biết.[11] Vào tháng 5 năm 2011, Flixster được Warner Bros. mua lại.

Người dùng Rotten Tomatoes có thể tạo và gia nhập các nhóm cho phép họ thảo luận về những khía cạnh khác nhau của bộ phim, và có một nhóm – "The Golden Oyster Awards" – yêu cầu các thành viên bình chọn phim đoạt các hạng mục giải khác nhau, giống như giải Oscar hay giải Quả cầu vàng. Tuy nhiên, khi Flixster mua lại Rotten Tomatoes, họ đóng cửa các nhóm thảo luận, nói rằng: "Khu vực các nhóm thảo luận đã ngừng hoạt động để dọn đường cho nhiều tính năng cộng đồng sắp ra mắt tới đây. Vào thời điểm hiện tại, vui lòng sử dụng diễn đàn để tiếp tục thảo luận về những chủ đề điện ảnh yêu thích của bạn."

Tính tới tháng 2 năm 2011, nhiều tính năng cộng đồng mới đã được ra mắt và những tính năng còn lại đã bị gỡ bỏ. Ví dụ, người dùng không còn có thể tách các đánh giá "tươi" (fresh) khỏi các đánh giá "thối" (rotten), và ngược lại. Vào ngày 17 tháng 9 năm 2013, một mục dành riêng cho các series truyền hình với tên gọi TV Zone đã được thiết lập dưới dạng một chuyên mục con của website.[12]